После последней битвы со Шредером прошло уже два года. Во время битвы Шредер свалился, с горы пытаясь, взять корону Мироны, но одной короны мало надо собрать ещё шесть камней из короны. Силы короны хватит, чтобы разрушить Землю. Черепашки-ниндзя подумали, что всё кончено и стали заниматься своими делами, но Шредер выжал и вот-вот начнёт поиски.
Учитель Сплинтер нашёл в канализации ещё одну черепашку-человека – Йо-Ши-Та-Ко. Оказывается, в канализацию упало четыре черепашки, но подверглось мутации пять черепашек. Теперь Черепашки-ниндзя новые учителя Йо-Ши-Та-Ко. С учением Леонардо он стал ловким, с учением Донателло умным, с учением Рафаеля овладел прекрасными боевыми искусствами. Микеланджело живёт у Эйприл в доме. Он открыл свою телефонную линию доверия, можно сказать, что в этом он профи. А так же Донателло встречается с Джен, которая полюбила его таким.
Всё было хорошо, пока Йо-Ши-Та-Ко не узнал о короне и её камнях. Он рвался найти их, но Сплинтер всё время ему отвечал, что должен решать вожак (лидер), которым является Леонардо. Тогда Йо-Ши-Та-Ко встретил Леонардо в его комнате и вызвал его на дуэль. Лео поначалу отказывался драться, но когда Йо достал своё оружие – Гуаньдао (разновидность копья), которым прекрасно овладел. Тогда Леонардо схватил меч и ударил, закрыв глаза, чтобы не видеть, что он бьёт своего ученика, а когда его глаза потихоньку стали, прищуриваться он увидел, что Йо уже лежит на полу и держит рукою за глаз, когда он отвёл руку, Лео увидел у него шрам. Йо-Ши-Та-Ко ушёл из канализации, но теперь он сам по себе и может найти первым корону и камни, но для этого ему нужна команда, и он её нашёл (смотрите в списке персонаж последний столбик – его команда). Шредер предложил ему сотрудничать, но он отказался.
История продолжается. Кто первый соберет все камни? И станет могущественным в мире?

Внешность Йо-Ши-Та-Ко: